В 5 в.до.н.э. древнегреческий мир впервые со времени дорийского переселения стал объектом масштабной внешней агрессии, на этот раз с Востока. В середине VI в. до н.э. малоазийская Греция (Эолида, Иония, Дорида) была вынуждена подчиниться лидийскому царю Крезу (560–546 до н.э.). После разгрома в 546 до н.э. Лидийской державы персидский царь Кир II (550–529 до н.э.) завоевал греческие города западного побережья Малой Азии; часть греков покорилась персам, часть (фокейцы и теосцы) бежала во Фракию и Великую Грецию. Однако, не располагая флотом, Кир II не имел возможности установить власть над островной Грецией. Только в 522–521 до н.э. персам удалось расправиться с тираном Самоса Поликратом, контролировавшим восточную часть Эгейского моря, и подчинить себе остров. Дарий I (522–486 до н.э.) в начале своего правления покорил колонии греков в Киренаике. В результате его Скифского похода 514 до н.э. власть персов признали греческие города на Боспоре, Геллеспонте и во Фракии, а также Македония. Персидская экспансия привела к длительному военному конфликту греков с державой Ахеменидов. Открытое военное противостояние греков и персов продолжалось более полувека (500–449 до н.э.) и прошло несколько этапов: Ионийское восстание (500–494 до н.э.), первые походы персов в Грецию (492 и 490 до н.э.), поход Ксеркса (481–479 до н.э.) и кампания в Восточном Средиземноморье (469–449 до н.э.). В 500 до н.э. греческие города Малой Азии во главе с Милетом и при поддержке Афин и Эретрии восстали против персидского господства (Ионийское восстание); к ним примкнули Крит, Кария и греческие колонии на берегу Пропонтиды. Только в 494 до н.э. после длительной борьбы персам удалось вернуть под свою власть Ионию и Эолиду. В 493 до н.э. они установили контроль над островами восточной части Эгейского моря (Самос, Хиос, Лесбос) и над Боспором и Геллеспонтом. В 492 до н.э. персы совершил первый поход в Балканскую Грецию, однако их флот потерпел крушение у мыса Афон. В 490 до н.э. персы предприняли новую военную экспедицию: они покорили Киклады и разгромили Эретрию на Эвбее, однако потерпели поражение от афинян на Марафонском поле. В 481 до н.э. персидский царь Ксеркс (486–465 до н.э.) начал третий поход против греков. Перед грозящей опасностью часть греческих полисов (31) объединила свои сухопутные и морские силы, образовав в Коринфе в 481 до н.э. военный союз во главе со Спартой. В 480 до н.э. Ксеркс вторгся на Балканский п-ов, занял Фессалию, прорвался в Среднюю Грецию и захватил Афины, но после поражения персидского флота у о. Саламин с большей частью своих сил вернулся в Азию. В 479 до н.э., разгромив персов при Платеях, греки окончательно изгнали их из материковой Греции, а после победы при Микале ликвидировали персидское владычество над греческими городами Малой Азии. В 478 до н.э. Спарта и другие государства Пелопоннеса вышли из антиперсидской лиги; остальные полисы, прежде всего островные и малоазийские, образовали новый военный союз во главе с Афинами – Делосскую симмахию (Первый Афинский морской союз). Опираясь на силы союзников, афиняне в начале 470-х очистили от персов южную Фракию (Эион) и установили контроль над Боспором и Геллеспонтом (Сест, Византий). В 469 до н.э. они разгромили персидскую армию и флот в устье реки Эвримедонт (Памфилия), а в 460 до н.э. осуществили успешную операцию против Кипра – главной базы персидского флота. В 459 до н.э. для поддержки вспыхнувшего в Египте антиперсидского восстания афиняне отправили туда экспедиционный корпус, который, однако, был разгромлен в 455–454 до н.э. В 450 до н.э. они нанесли новый успешный удар по Кипру. В 449 до н.э. был заключен Каллиев мир, по которому держава Ахеменидов признала независимость греческих полисов Малой Азии и отказалась от военного присутствия в Эгейском бассейне. После 449 г. враждебные действия между Грецией и Персией прекратились. Начался период (с 449 по 412 г.), который по аналогии с современностью некоторые западные историки называют периодом "холодной войны" между Афинами и Персией. Афины за сравнительно короткий срок несколько раз увеличивали форос, собираемый с союзников, и, возможно, какие-то из малоазийских общин справедливо считали, что в составе Персидской монархии им жилось намного лучше. Так, в 430 г. сатрап Сард Писсуфн направил своего офицера в Колофон с тем, чтобы тот помог изгнать из города сторонников Афин. Десятью годами раньше, в 440 г., Писсуфн открыто поддержал восставший Самос. Он направил на остров 700 своих наемников, и с их помощью самосским олигархам удалось устроить государственный переворот и подавить выступления проафинских элементов. Афинский гарнизон, находящийся на острове, был взят в плен и передан в руки Писсуфна Подобные действия Писсуфна были, конечно, нарушением Каллиева мира и при известной поддержке персидского царя могли привести к открытому вооруженному конфликту между Персией и Афинами. Царь Персии, несмотря на просьбы Писсуфна, так и не дал ему финикийский флот, за которым уже было отправлено пять самосских кораблей . Восставшие самосцы, оставшись один на один с афинянами, потерпели поражение. В результате на Самосе была восстановлена демократия.